上海交通大学建校一百多年以来，始终重视体育教育，源远流长，薪火传承。进入21世纪，围绕建设世界一流大学的历史性目标，借鉴国内外一流大学的行进理念，坚持“健康第一”和“终身体育”的教育思想，体育课程改革创新取得丰硕成果，得到了教育部和上海市教委的高度评价，发挥了体育在人才培养中的特殊功能。
交大先后建立了“体育科研所”、“大学生体质健康测试中心”、“乒乓球国际交流中心”、“国家体育总局体育文化研究基地”和“大学生体育总会”，设置了“体育教育训练学”和“体育专业”硕士点，在课堂教学、群众体育、竞技运动、科学研究等方面取得全面发展，形成了“课内与课外、校内与校外、普及与提高、科研与教学训练相结合”的四个举措，形成以“课程为核心，群体为基础，竞技为亮点，科研为动力”的建设与发展新体系。
体育系在教学、科研、运动竞赛、群体等方面取得一系列成果，共发表学术论文200多篇，承担国家级课题6项，出版教材和专著20余本。2001年荣获国家级优秀教学成果二等奖和上海市优秀教学成果一等奖；2004年“大学体育”课程获得国家级精品课程。
1998年以来，上海交通大学获得省市级金牌272枚，世界级金牌24枚；先后荣获中华人民共和国第四届、第五届、第六届、第七届、第八届大学生运动会最高荣誉奖“十佳校长杯”。第七届全国大运会荣获团体总分与金牌数全国第一；第八届全国大运会获团体总分全国第二。
上海交通大学体育课程传承了交大“强国强身、崇尚文化、注重体育、健康向上”的体育思想，锐意改革与创新，“大学体育”2004年被评为国家精品课程，2008年被评为国家级优秀教学团队。
课程坚持“健康第一”的教学思想，确立“学生为本”的教学理念，构建以终身体育意识和技能为内容、以学生身心健康为目标的新型教学体系，积极探索课内外相结合、教学群体竞赛科研一体化、学校与社会相融合的新型教学模式。体育教学贯穿于本科生、研究生、留学生教育的全过程，实施学生网上自主选课、选师、选时，融入完全学分制体系。
积极挖掘和开发校内、社会、自然的体育资源，形成了必修课、通选课、指定选修课、新生研讨课等多元结构和民族传统、现代竞技、时尚流行等多种类型的课程体系。课程项目由14项增加到34项，以满足学生自主选课的需求。同时，开发利用社会资源和自然资源，先后开设了“野外素质拓展技能与技巧”课程和“射击”课程，其中“野外素质拓展技能与技巧”课程2006年评为上海市精品课程。
不断探索课内外一体化运作模式，充分利用校园学生各类体育竞赛资源，开设各种项目的裁判员培训班，体现理论与实践结合的实际效果；利用校运动会大型团体操机会，把编排、排练过程与课内教学、考核紧密结合，使之成为拳操类课程专项教学过程，取得良好效果。